Nascido no Porto, João de Pina-Cabral passou a sua juventude em Moçambique, onde o seu pai era missionário. Motivado por essa experiência, decidiu estudar antropologia social em Joanesburgo (BA Hons 1977, Univ. Witwatersrand, África do Sul). Mais tarde, doutorou-se em Oxford (1982) com uma tese sobre a visão do mundo camponesa do Alto Minho. Encontra-se entre os fundadores do curso de Antropologia do ISCTE, tendo entrado permanentemente no ICS em 1986, onde hoje é Investigador Coordenador. Foi Professor Visitante em várias universidades no Brasil, em Espanha, Moçambique, Macau e Estados Unidos da América.

A sua vasta obra trata em particular das relações entre o pensamento simbólico e o poder; a pessoa e o parentesco numa perspetiva comparativa; e a etnicidade em contextos pós-coloniais. O seu primeiro trabalho etnográfico foi sobre a sociedade rural do Alto Minho. Em seguida, desenvolveu vários projectos de estudo sobre a família no sul da Europa abordada de uma perspectiva comparativa. Na década de 90, prolongou o seu interesse nestas questões para abordar a relação entre família e etnicidade entre os euroasiáticos de Macau".

Entre 2012 e 2015, foi Diretor da Escola de Antropologia e Conservação da Universidade de Kent (Reino Unido). Em 2020, tornou-se Professor Emérito de Antropologia Social nessa Universidade e voltou a reintegrar o Instituto de Ciências Sociais da Universidade de Lisboa.